ФГБУ "Администрация морских портов Западной Арктики" создано 12 декабря 2014 года во исполнение приказа Министерства Транспорта Российской Федерации от 27 июня 2014 года № 170 "О реорганизации Федерального государственного учреждения "Администрация морского порта Мурманск" в форме присоединения к нему Федерального государственного учреждения "Администрация морского порта Архангельск".

Функции администрации морских портов определены в Положении об администрации морких портов, утвержденном приказом Минтранса России 29 января 2014 г. N24